2009年，比尔·盖茨的慈善基金在中国做了11个公益项目，投入1.62亿元人民币的资金。
日前，该基金在中国社会组织官网上公布了《比尔及梅琳达·盖茨基金会北京代表处2009年度工作报告书》。报告书称，在防治艾滋病方面，该基金在北京、广州、昆明、上海、重庆和南京等地区尝试并建立疾控部门、医疗机构和社会。组织“三位一体”综合干预和关怀模式；同时增加长沙作为项目试点，经卫生部批准于2009年7月17日召开长沙市中盖项目启动会。

在肺结核项目方面，4月，与中国卫生部签署协议，捐赠3300万美元支持卫生部在中国开展中盖结核病控制项目，为期五年，覆盖黑龙江、内蒙古、河南、湖南、重庆和江苏六个省份。

报告称，2009年，工作人员工资福利支出为1191万元，行政办公支出为1356万元，两者加总占总支出的13.52％。