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科学家将癌细胞变成逻辑门以揭开其运动的秘密
发布日期:2023-02-11 14:24:30  稿源:cnBeta.COM

癌细胞在体内迁移有多种原因;一些细胞只是跟随液体的流动,而另一些则是主动跟随特定的化学轨迹。那么,如何确定哪些细胞在移动,为什么?普渡大学的研究人员逆向设计了一个细胞信号处理系统,并像逻辑门--一个简单的计算机一样使用它,以更好地了解是什么导致特定细胞迁移。

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多年来,机械工程教授Bumsoo Han和他的研究小组一直在研究癌细胞。他建立了微流体结构来模拟它们的生物环境;他甚至用这些结构建立了一个"时间机器"来逆转胰腺癌细胞的生长。

"在我们的实验中,我们一直在观察和研究这些癌细胞如何迁移,因为这是癌症转移的一个重要方面,"Han团队的博士后研究人员Hye-ran Moon说。"但这是不同的。我们正试图解决这些行为背后的基本机制。而这是非常具有挑战性的,因为细胞是非常复杂的分子系统,而且它们会接触到导致它们移动的多种线索。"

这些线索之一涉及化学线索,许多细胞天生就被吸引(很像蚂蚁追寻气味线索)。另一个是液体流动;如果液体在细胞周围朝某个方向流动,许多细胞就会顺势而行。因此,如果一个细胞在移动,怎么能知道它是由化学物质、液体运动或两者共同驱动的呢?

该团队采用了一个三元逻辑门模型来分析这些线索,并预测细胞在不同环境下会如何移动。他们的研究已经发表在《芯片实验室》(Lab on a Chip)上,这是英国皇家化学学会的一份期刊。

他们的实验是在一个微流控平台上进行的,该平台有一个中心室供细胞使用,还有两个侧面平台。使用这个设备,他们可以复制一个方向的液体流动,也可以复制相反方向的流动,或者根本不流动。他们还可以引入一种已知的化学物质,使细胞迁移。同样,他们可以选择朝一个方向、相反的方向或完全没有方向的趋化作用。这两种线索会相辅相成,还是相互抵消?有了两个线索和三个选择,就有足够的可观察数据来建立一个三元逻辑门模型。

逻辑门是一种来自计算的构造,晶体管接受1或0的输入并返回1或0的输出。二元逻辑门接受两个1和0的组合,并根据它是哪种门而输出不同的结果。三元逻辑门做同样的事情,只是有三个可能的输入和输出。1、0和-1。

穆恩对细胞在两种不同刺激下的移动方向进行了赋值。如果细胞在流动的方向上移动,那就是1。如果它们没有方向性,那就是0。如果它们朝与流动相反的方向移动,那就是-1。

当细胞单独遇到化学品或液体流动时,它们向正方向移动("1")。当两者在同一方向出现时,其影响是相加的(仍然是"1")。然而,当两者的流动方向相反时,细胞向化学品的方向移动("-1"),而不是向液体流动的方向移动。

基于这些观察,穆恩推断出一个3×3的网格来简化结果。这些癌细胞的线索现在可以被绘制成图表,就像电气工程师绘制电路图一样。

当然,现实世界从来没有那么简单。"Moon说:"实际上,化学刺激是一个梯度,而不是一个开关。细胞只有在引入一定的流量阈值后才会移动;如果你引入太多,细胞就会短路,根本不会移动。我们能够预测这种运动的准确性是一种非线性关系。"

穆恩还强调,这个特定的实验非常简单:两个刺激,方向严格相反,在一个单一维度上。下一步将是建立一个类似的实验,但在一个二维平面中;然后在一个三维体积中建立另一个。而这只是开始;一旦施加了多个刺激,并将时间作为第四维的因素,计算就会变得非常复杂。"现在你明白为什么生物学家需要使用超级计算机了!"穆恩说。

"这是一个完美的例子,说明微流控设备可以用于癌症研究,"穆恩说。"在生物环境中做这个实验将是非常困难的。但是有了这些设备,我们可以直接深入到单个细胞,在受控环境中研究它们的行为。"

"这个模型可以适用于远远超过物理上的癌细胞,任何细胞都会受到不同线索的影响,这为研究人员提供了一个框架,以研究这些影响并确定它们发生的原因。遗传工程师也接受了逻辑门模型,将基因视为能产生不同结果的处理器。"

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