日本当局公布了东京羽田机场致命空难前一刻空中交通管制对话的完整记录。记录显示了机场控制塔与两架飞机（一架是日本航空公司JAL的客机，另一架是较小的海岸警卫队飞机）之间的通信。塔台记录显示，日航客机获准降落，而海岸警卫队飞机则被告知应在跑道旁的停机位等待。

根据日本运输省发布的文字记录，海岸警卫队飞机似乎在相撞前向空中交通管制部门确认了在跑道旁停靠的命令。

然而，海岸警卫队的一名官员却说，这架较小飞机的机长是飞机上 6 人中唯一幸存的人，他说他是在得到许可后进入跑道的。

据日本国家广播公司（NHK）报道，日本航空公司客机上的飞行员最初并不知道飞机在相撞后起火--尽管照片显示飞机被大火吞噬。

据该广播公司援引日本航空公司的话报道，乘务长通知驾驶舱飞机正在燃烧。根据大多数航空公司的规定，在某些情况下，如发生严重火灾，机舱乘务员有权下达撤离命令。

本周二，从北部北海道飞来的日航 516 航班突然起火，机上所有 379 人都设法逃离了飞机。而与这架A350大型宽体客机相撞的这架庞巴迪 Dash-8 涡轮螺旋桨海岸警卫队飞机上有五人死亡，从飞机残骸中逃生的飞行员受了重伤。

当局目前正在调查到底发生了什么，包括两架飞机是如何出现在同一条跑道上的。

根据美国监管机构发布的公告副本，调查人员可能会关注的一件事是事故发生前向飞行员发出的一份通知，该通知显示，作为防止错误转弯的额外安全措施，嵌在停机坪上的一条红绿灯带已经失效。

据当地媒体报道，东京警方也在单独调查是否有专业疏忽可能导致撞机。

前日航飞行员、航空分析师小林弘之（Hiroyuki Kobayashi）说："很有可能是人为失误。飞机事故很少是由于单一问题造成的，所以我认为这次也有两三个问题导致了事故的发生。"