特朗普提名小罗伯特·F·肯尼迪Robert F. Kennedy Jr.担任卫生与公众服务部部长。小罗伯特·F·肯尼迪是美国著名的疫苗怀疑论者，和制药行业批评者。特朗普决定发布后，疫苗制造商Moderna、 辉瑞公司和Novavax的股价应声下跌。

特朗普周四在其“真相社交”平台上发表声明称：“所有美国人的安全和健康是任何政府最重要的职责，卫生与公众服务部将发挥重要作用，帮助确保每个人都免受有害化学物质、污染物、杀虫剂、药品和食品添加剂的侵害，正是这些物质导致了这个国家严重的健康危机。肯尼迪先生将恢复这些机构的黄金标准科学研究传统和透明度灯塔，以结束慢性病流行，让美国再次伟大和健康！”

小罗伯特·F·肯尼迪在公共卫生方面持有许多非正统的观点，最臭名昭著的是质疑疫苗的安全性和有效性，他的相关言论与主流医学界的指导相矛盾。在新冠疫情期间，他称这些接种疫苗是“反人类罪”，并将其与纳粹大屠杀相提并论。这些言论引起了广泛谴责，包括他的妻子、女演员谢丽尔·海因斯。他还表示将与特朗普合作，去除供水系统中的氟化物——颠覆80年来的公共卫生共识。

除了有争议的观点之外，肯尼迪的总统竞选还遭到了一系列小报丑闻的报道：在纽约中央公园丢弃熊尸体、与搁浅的鲸鱼和电锯有关的冒险行为。

小罗伯特·F·肯尼迪的观点很可能使他面临美国参议院严厉的任命听证会，他的言论将受到严格审查。如果得到确认，他将对美国公共卫生、药品、食品和营养产生前所未有的影响，并有可能扰乱相关行业。

小罗伯特·F·肯尼迪出身于一个显赫的民主党家庭，现年70岁的肯尼迪是前参议员罗伯特·F·肯尼迪的儿子，也是前总统约翰·F·肯尼迪的侄子。两人均在20世纪60年代遭暗杀，特朗普承诺成立总统暗杀委员会重新审理这些案件。在本届大选中小罗伯特·F·肯尼迪退出了民主党，转而以独立身份参加总统竞选，最后支持了特朗普。他在全美帮特朗普竞选，出席集会和活动，并帮助他扩大与独立选民的接触。

美国媒体评论，选择小罗伯特·F·肯尼迪担任政府最高卫生政策职务，标志着两位前竞争对手之间达成了政治联姻。在竞选活动的最后几天，特朗普表示，他将让肯尼迪在卫生问题上“放开手脚”，并调整了他的标志性竞选口号，宣称他将“让美国再次健康”。

美国的卫生与公众服务部涉及100多个支持医学、公共卫生和社会服务的项目，其中包括疾病控制和预防中心、医疗保险和医疗补助服务中心以及食品和药物管理局。卫生与公众服务部是联邦应对新冠疫情的最前线，特朗普第一任期内对疫情的管理招致了尖锐批评，其中包括有人指责他淡化疫情的严重性。特朗普第一任期内的卫生与公众服务部部长包括汤姆·普莱斯Tom Price和亚历克斯·阿扎Alex Azar，普莱斯因纳税人资助的航空旅行受到批评而辞职，阿扎因2021年1月6日国会山遭袭事件与特朗普分道扬镳。

在医疗保健方面，特朗普曾提出寻求替代《平价医疗法案》（俗称“奥巴马医改”）的方案。特朗普否认想要终止该计划，但并未具体说明他将如何修改或取代这项法律，他在辩论中表示，他有“计划的概念”。