因周鸿祎微博上转发“网友爆料方舟子被百度重金收买和利用”等言论，方舟子（原名方是民）将360公司董事长周鸿祎诉至法院，称周鸿祎侵犯其名誉权。10月18日，北京市朝阳区法院对此案进行公开审理。

去年8月360宣布推出so.com正式进军搜索，10月9日，方舟子发布微博称：“360浏览器已被媒体揭露一点都不安全，会悄悄收集用户的隐私资料，包括各种上网密码！像司马南这样的敏感人物尤其要注意上网安全，尤其对做‘流氓软件’起家的人搞出来的东西要警惕。”随后，司马南发微博表示赶紧卸载了360。随后，方舟子连发多条微博，均涉及360收集用户隐私等内容。

事后有传言称百度通过公关公司蓝色光标（蓝标）收买方舟子等微博大号对360浏览器、韩寒和罗永浩等进行打击，方舟子回应称：“我没有为此收过百度、腾讯、金山或任何公司或个人的一分钱，奇虎360公司造谣我被百度以金钱收买和利用，是对我‘打假斗士’名誉的严重损害和诽谤。”并以侵犯名誉权为由对360进行起诉。

周鸿祎在微博回应称：“这一次是方舟子，下一次还会有圆舟子，后面肯定还会有一系列抹黑360安全浏览器的组合拳，目的都是趁立足未稳要灭了360搜索”，并转发“百度公司利用掌控的媒体资源和一些所谓的‘打假斗士’，抹黑360浏览器，试图以此遏制360搜索的发展”等微博。

2012年10月17日，方舟子在搜狐微博上称，已向北京西城区法院起诉奇虎360公司造谣其收百度黑钱、损害其名誉。法院收下了诉状，但未当场立案。

周鸿祎的代理律师认为，方舟子发布明显的侮辱性言论贬损、丑化、侮辱被告、360公司及其产品，同时对360的辟谣置之不理，持续发布羞辱性语言，并继续转发恶意攻击360浏览器的微博。