《MIT科技评论》发表文章显示大便胶囊无效，表明人体微生物环境仍然成谜。肠道艰难梭菌(Clostridium difficile)感染难以治愈，使用抗生素可能会因为杀死有益菌而使结果更糟糕。2011年美国大约有29K人受此影响。 大便胶囊是将拥有健康微生物环境的人提供的大便（通过口服的方式）将其中细菌迁移到病人体内。

今年早些时候，Seres医疗公司,et al.一篇早期研究报告认为该公司的SER-109大便胶囊对此细菌有效。但是人们并不知道其原理。但是最近二期临床的测试表明，使用大便胶囊和使用安慰剂的对比结果没有显著差异。结果令人失望。

SER-109令人诧异的无效性表明人类对人体微生物环境复杂性的理解还处在一种"令人羞耻的"懵懂状态。"