世界卫生组织发布疫情报告称，越来越多的证据证明，2019新型冠状病毒与其他已知在蝙蝠中传播的冠状病毒存在关联，更具体来讲是和蝙蝠亚种菊头蝠存在关联。菊头蝠习性生活于山洞中，数量不多，与其他蝙蝠共栖，一般停留在洞边缘或近洞口岩石顶壁上，在中国南方以及整个亚洲、中东、非洲和欧洲广泛存在。

报告显示，最新研究表明，在中国的蝙蝠中已经检测出500多种冠状病毒。对居住在洞穴蝙蝠自然栖息地附近的农村人进行的血清学研究显示，蝙蝠冠状病毒的血清阳性率为2.9%，这表明人类接触蝙蝠冠状病毒可能很常见。

报告指出，此次疫情暴发最初的传播途径仍然不清楚，目前最可能的情况是某种中间宿主动物将病毒传染给了人类。

此前，华南农业大学通过分子生物学检测，揭示穿山甲中β冠状病毒的阳性率为70%；进一步对病毒进行分离鉴定，电镜下观察到典型的冠状病毒颗粒结构；最后通过对病毒的基因组分析，发现分离的病毒株与目前感染人的毒株序列相似度高达99%，确定穿山甲是可能的潜在宿主。