与Office 2003相比，除了性能增强、界面优化外，Office 2007最重要的改变便是Office文件格式的改变。Office 2007将支持PDF文件格式输出。原有的.doc、.xls以及.ppt等文件扩展名将被逐渐淘汰，一些不常用格式将不再得到支持。

例如Word 2007默认保存的文件格式变为.docx。Word 2007支持格式：

Word Document (.docx) - 默认格式
Word Macro-enabled Document (.docm)
Word Template (.dotx)
Word Macro-enabled Document Template (.dotm)

Excel 2007支持文件格式：

Excel Workbook (.xlsx) - 默认格式
Excel Macro-enabled Workbook (.xlsm)
Excel Template (.xltx)
Excel Macro-enabled Workbook Template (.xltm)
Excel Binary Workbook (.xlsb)
Excel Add-in (.xlam)

PowerPoint 2007支持格式：

PowerPoint Presentation (.pptx) - 默认格式
PowerPoint Macro-enabled Presentation (.pptm)
PowerPoint Slide Show (.ppsx)
PowerPoint Macro-enabled Slide Show (.ppsx)
PowerPoint Template (.potx)
PowerPoint Macro-enabled Presentation Template (.potm)
PowerPoint Add-in (.ppam)

并非所有格式均向下兼容，仅有以下格式将兼容Office 2000：

Word Document (.docx)
Word Macro-enabled Document (.docm)
Excel Workbook (.xlsx)
Excel Macro-enabled Workbook (.xlsm)
Excel Template (.xltx)
Excel Macro-enabled Template (.xltm)
Excel binary Workbook (.xlsb)
Excel Add-in (.xlam)
PowerPoint Presentation (.pptx)
PowerPoint Macro-enabled Presentation (.pptm)
PowerPoint Slide Show (.ppsx)
PowerPoint Macro-enabled Slide Show (.ppsm)
PowerPoint Template (.potx)
PowerPoint Macro-enabled Presentation Template (.potm)

除此之外，Office 2007还将支持PDF文件以及XPS格式输出。