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研究人员实现精确跟踪运动动物的神经元
发布日期:2023-12-08 10:17:19  稿源:cnBeta.COM

洛桑联邦理工学院(EPFL)和哈佛大学的科学家们创造了一种开创性的人工智能方法,利用具有"定向增强"功能的卷积神经网络,可以高效追踪移动动物体内的神经元。这大大减少了人工标注,加速了大脑成像研究,加深了我们对神经行为的理解。

EPFL 和哈佛大学的科学家们开发出一种基于人工智能的方法,用于追踪移动动物的神经元,从而以最少的人工标注提高大脑研究的效率。

最近的研究进展允许对自由移动动物体内的神经元进行成像。然而,要解码电路活动,必须通过计算识别和跟踪这些成像神经元。当大脑本身在生物体(如蠕虫)灵活的身体内移动和变形时,这就变得尤其具有挑战性。到目前为止,科学界还缺乏解决这一问题的工具。

现在,来自洛桑联邦理工学院(EPFL)和哈佛大学的科学家团队开发出了一种开创性的人工智能方法,用于追踪移动和变形动物体内的神经元。这项研究发表在《自然-方法》(Nature Methods)上,由 EPFL 基础科学学院的萨罕德-贾迈勒-拉希(Sahand Jamal Rahi)领导。

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新方法以卷积神经网络(CNN)为基础,CNN是一种经过训练的人工智能,能够识别和理解图像中的模式。这涉及一个称为"卷积"的过程,它每次查看图片的小部分,如边缘、颜色或形状,然后将所有信息组合在一起,使其具有意义,并识别物体或模式。

问题在于,要在拍摄动物大脑的过程中识别和追踪神经元,许多图像都必须手工标注,因为动物在不同时间由于身体变形的不同而呈现出截然不同的样子。考虑到动物姿态的多样性,手动生成足够数量的注释来训练 CNN 可能会令人生畏。

秀丽隐杆线虫三维体积脑活动记录的二维投影。绿色:基因编码的钙指示器,各种颜色:分割和追踪的神经元。资料来源:Mahsa Barzegar-Keshteli(EPFL)

为了解决这个问题,研究人员开发了一种具有"定向增强"功能的增强型 CNN。这项创新技术仅从有限的手动注释中自动合成可靠的注释作为参考。其结果是,CNN 可以有效地学习大脑的内部变形,然后利用它们为新姿势创建注释,从而大大减少了人工注释和重复检查的需要。

这种新方法用途广泛,无论神经元在图像中表现为单个点还是三维体积,它都能识别出来。研究人员在秀丽隐杆线虫(Caenorhabditis elegans)上对其进行了测试,该线虫仅有 302 个神经元,使其成为神经科学领域广受欢迎的模式生物。

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利用增强型 CNN,科学家们测量了该蠕虫的一些中间神经元(在神经元之间传递信号的神经元)的活动。他们发现,这些神经元表现出复杂的行为,例如,当受到不同的刺激(如周期性爆发的气味)时,它们会改变自己的反应模式。

研究小组将他们的 CNN 变得易于访问,提供了一个用户友好的图形用户界面,集成了有针对性的增强功能,将整个过程简化为一个从手动注释到最终校对的综合流水线。

Sahand Jamal Rahi 说:"通过大幅减少神经元分割和跟踪所需的人工工作,新方法将分析吞吐量提高到全人工标注的三倍。这一突破有可能加速大脑成像研究,加深我们对神经回路和行为的理解"。

编译来源:ScitechDaily

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