《塞尔达：时之笛 重制版》呈现十五项变化，涵盖角色配音、操作方式、场景探索、画面细节和地图布局。关键角色及重要过场将采用完整配音，但林克仍然保持沉默。

塞尔达、盖侬多夫和萨莉亚等角色都会开口说话。娜薇的日语配音水桥香织时隔28年回归，英语版则因对白扩充启用新配音。操作方面，玩家可以主动控制林克跳跃，游泳动作也更加流畅，不过仍受呼吸限制。

城镇及聚落内部取消了进出建筑时的读取画面，海拉鲁城下町增加居民、商人和旅行者，NPC之间也会出现更多互动。镜头现可自由旋转，材质、天气、植被和服装细节均有所提升。

新增的“时间之线”会通过不断延展的挂毯记录剧情、成就和当前任务，减少玩家对屏幕路标的依赖。海拉鲁平原的地形、河道、遗迹以及隆隆牧场布局也经过调整。

其他变化包括将真实之镜改成林克实际佩戴的护目镜、允许把铁靴映射至十字键，以及跳过陶笛演奏动画。林克演奏时的手指动作还会对应音符。此外，Switch 2版容量据称约为24.54GB，原版与3DS版则分别约为32MB和512MB。