文科省已于8月份公布了理化学研究所整体预算申请额，但各研究机构具体金额曝光尚属首次。与该研究中心一样，生命科学类研究机构的预算申请额均明显下降，可见STAP细胞问题的影响之大。理研8月份宣布终止部分研究和撤换管理层等对该研究中心的一系列重组措施。
据理研相关人员透露，2015年度预算申请的名义是组织重组后的“多细胞系统形成研究中心”（暂称）经费。
作为生命科学类研究机构的生命科学技术基础研究中心（位于神户市和横滨市）和生命系统研究中心（大阪府吹田市、神户市和横滨市）的运营费预算额也大幅下降了37%。