对于 macOS High Sierra 和 iOS 系统来说，苹果全新 APFS 文件系统带来了很多性能和功能改进。不过在 Mac 电脑上，APFS 文件系统完全不兼容传统机械硬盘。此外，在发布之初，APFS 可能也不会兼容 iMac 的 Fusion Drive 混合硬盘。苹果在 8月21日分享的支持文档中，提到安装了闪存或 SSD 储存的系统会自动升级为 APFS 系统，用户无法选择不转换文件系统。在这份文档中，苹果还提到机械硬盘和 Fusion Drive 并不兼容，并无法进行手动升级转换。
目前还不清楚 APFS 不兼容非闪存储存媒体是暂时的还是永久的。在最新的 macOS High Sierra 测试系统中，发布说明中明确提到内置 3TB Fusion Drive 的 iMac 电脑不支持 APFS。
在测试过程中，APFS 仍然兼容 HFS+ 文件系统。格式化成 HFS+ 文件系统的设备可以被格式化成 APFS 的设备进行数据读写。
格式化称 APFS 的 SSD 也可以被格式化称 HFS+ 文件系统的设备读写，系统要求为 macOS 10.12.6。只有 High Sierra 可以通过 APFS 文件格式的分区启动，此外，Boot Camp 不支持读写 APFS 分区。
苹果 APFS 文件系统将伴随 macOS High Sierra 的正式发布而广泛部署，APFS 的优势很多，包括即时文件复制，整体速度提升、读写操作提升等。