杭州师范大学与阿里巴巴集团签署《共建“杭州师范大学阿里巴巴商学院”》合作协议，阿里巴巴再投入5000万，用于把阿里巴巴商学院升级为以互联网商务为特色的创新型商学院。除了资金的支持，阿里巴巴也将助推办学机制方面的创新，阿里巴巴集团学术委员会主席曾鸣将担任院长一职。

按照合作协议，共建学院将独立自主决定教学计划、课程设置和教学安排，也将结合自身特点制定并实施适用于共建学院的学生管理规定。

杭师大阿里巴巴商学院正是2008年在马云的直接支持下创立。2006年初，马云就悄悄捐资100万，启动“杭师大中国新农村教师专业发展计划”，免费培训农村骨干教师。

2005年11月，马云受聘为母校客座教授；2008年10月，阿里巴巴商学院挂牌成立，马云亲自担任学院院长；2011年9月，马云回校参加新生开学典礼并发表演讲；2013年，马云应邀参加阿里巴巴商学院首届185位毕业生的毕业典礼，给他们上了大学生涯的“最后一课”。他期待首届毕业生20年后再回学校看看，“20年后是因为你让杭师大不一样，而不是杭师大让你不一样”。

2015年杭师大迎来107年校庆之际，马云又以个人名义捐赠1亿元人民币设立“杭州师范大学马云教育基金”，用于资助教育研究和教育创新，探索中国师范教育与基础教育发展方向，并树立师范教育典范。这是杭师大迄今收到的最大一笔单笔捐赠。